taufanyanuar: Cycle Trasehold

Tuesday, December 1, 2020

Cycle Trasehold

Tes amplifikasi asam nukleat (NAAT/Nucleic Acid Amplification Testing) seperti real time reverse-transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) dan Isothermal PCR (iiPCR dan RT LAMP) yang sering kita sebut dengan Tes swab PCR digunakan untuk mendeteksi seseorang yang positif terinfeksi Covid-19.

Metode real-time RT-PCR adalah suatu pemeriksaan molekuler berbasis reaksi rantai polimerase dari sampel klinis pasien. Virus yang menyebabkan COVID-19 tergolong pada virus RNA, dalam mendeteksi virus ini didahului proses perubahan/konversi dari RNA menjadi DNA. Proses ini difasilitasi oleh enzim reverse transcriptase.

Prosesnya adalah sampel akan melalui prosedur ekstraksi, yaitu proses menggunakan kit tertentu untuk mengeluarkan materi genetik virus yang dikehendaki. Virus corona penyebab COVID-19 tergolong virus RNA, untuk mendeteksi virus maka perlu proses perubahan/konversi dari RNA menjadi DNA. Lalu dilakukan perbanyakan (amplifikasi) target materi genetik menggunakan mesin real-time PCR. Real time PCR menggunakan floresens sehingga setiap terjadi amplifikasi, akan terbentuk sinyal floresens yang akan ditangkap oleh detektor sepanjang proses PCR berlangsung. Proses amplifikasi tersebut terjadi berulang-ulang, hingga sekitar 40 siklus, dan sinyal floresens yang dihasilkan akan berbanding lurus/proporsional terhadap amplifikasi yang terjadi. Pada satu titik, jumlah sinyal floresens pada proses amplifikasi tersebut mencapai nilai minimal untuk dapat diinterpretasikan sebagai hasil positif. Titik tersebut dinamakan cycle threshold value atau nilai CT.

Seseorang pasien Covid-19 yang kondisinya sudah membaik, namun kadang saat tes hasilnya masih positif, hal ini dikarenakan adanya fragmen yang tersisa dari virus corona yang sudah mati masih terdeteksi alat tes.

Oleh karena itu, ada istilah Cycle trasehold (Ct) yang akan muncul di hasil tes PCR dan ini bisa menunjukkan apakah virus yang terdeteksi ini masih aktif atau sudah mati. Hampir mirip dengan orang tanpa gejala (OTG).

Sebagian laboratorium mengeluarkan hasil yang bersifat kualitatif yaitu menyatakan positif atau negatif saja, sedangkan laboratorium lain memberikan hasil yang tergolong kuantitatif, yaitu dengan menyatakan nominal dari cycle threshold value atau nilai CT.

Setiap alat dan reagen mempunyai karakteristik dan cut off nilai Ct yang berbeda. Ada yang menggunakan nilai cut off Ct>30 sebagai hasil negatif, ada yang menggunakan nilai cut off Ct>35, >40, maupun >45.

Nilai CT ini berbanding terbalik dengan kemampuan virus untuk menular ke orang lain. Artinya, semakin tinggi nilai CT, semakin rendah kemungkinan virus untuk menyebabkan infeksi. Nilai CT > 34, tidak menimbulkan infeksi.

Cycle Threshold (CT)